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Análisis in silico de las alteraciones de la secuencia y estructura de RBD-SARS-CoV-2, que afectan su complementariedad por anticuerpos neutralizantes IgG-antiRBD
(2023) Ricardo Enrique Grados-Torrez; Leny Miroslava Osco Callisaya; Pamela Belen Ramos Torrez; Aryana Aleyda Chavez Alanoca; Esther Belen Vila Miranda; Aneth Vásquez Michel
Las vacunas anti-SARS-CoV-2 inducen la producción de anticuerpos neutralizantes IgG contra el Dominio de Unión al Receptor de la proteína S del virus (IgG-antiRBD). En Bolivia, Sinopharm y Sputnik V fueron vacunas ampliamente utilizadas durante la pandemia. Sin embargo, las mutaciones y los cambios sufridos en SARS-CoV-2 fueron responsables de las nuevas olas de contagio. Objetivo: determinar las alteraciones a nivel de secuencia y de estructura del RBD-SARS-CoV-2, que afectan su complementariedad por anticuerpos neutralizantes IgG-antiRBD. Material y Métodos: se obtuvieron las secuencias y estructuras cristalográficas del RBD-SARS-CoV-2 a partir de la base de datos Protein Data Bank. Para el Alineamiento Múltiple de Secuencias y el Alineamiento Estructural, se emplearon Mega6 y Chimera1,15. Resultados: el Alineamiento Múltiple de Secuencias y Alineamiento Estructural de las principales variantes epidemiológicas de SARS-CoV-2 evidencian que, krakenXBB1.5 fue la más divergente a nivel de secuencia, mientras que, omicronBA2.75 presentó más cambios estructurales y mayores impedimentos estéricos al interaccionar con IgG-antiRBD, siendo la más contagiosas y más evasiva a la respuesta inmunológica. Conclusiones: el uso de herramientas bioinformáticas para el seguimiento en los cambios moleculares de SARS-CoV-2 permiten predecir el comportamiento epidemiológico de nuevas variantes emergentes y además promover el mejoramiento en los criterios de prevención.
Análisis in silico de las alteraciones de la secuencia y estructura de RBD-SARS-CoV-2, que afectan su complementariedad por anticuerpos neutralizantes IgG-antiRBD
(2023) Ricardo Enrique Grados Torrez; Leny Miroslava Osco Callisaya; Pamela Belen Ramos Torrez; Aryana Aleyda Chavez Alanoca; Esther Belen Vila Miranda; Kevin Fermin Alaru Argani; Diego Alexander Perez Chamizo; Aneth Vásquez Michel
Las vacunas anti-SARS-CoV-2 inducen la producción de anticuerpos neutralizantes IgG contra el Dominio de Unión al Receptor de la proteína S del virus (IgG-antiRBD). En Bolivia, Sinopharm y Sputnik V fueron vacunas ampliamente utilizadas durante la pandemia. Sin embargo, las mutaciones y los cambios sufridos en SARS-CoV-2 fueron responsables de las nuevas olas de contagio. Objetivo: determinar las alteraciones a nivel de secuencia y de estructura del RBD-SARS-CoV-2, que afectan su complementariedad por anticuerpos neutralizantes IgG-antiRBD. Material y Métodos: se obtuvieron las secuencias y estructuras cristalográficas del RBD-SARS-CoV-2 a partir de la base de datos Protein Data Bank. Para el Alineamiento Múltiple de Secuencias y el Alineamiento Estructural, se emplearon Mega6 y Chimera1,15. Resultados: el Alineamiento Múltiple de Secuencias y Alineamiento Estructural de las principales variantes epidemiológicas de SARS-CoV-2 evidencian que, krakenXBB1.5 fue la más divergente a nivel de secuencia, mientras que, omicronBA2.75 presentó más cambios estructurales y mayores impedimentos estéricos al interaccionar con IgG-antiRBD, siendo la más contagiosas y más evasiva a la respuesta inmunológica. Conclusiones: el uso de herramientas bioinformáticas para el seguimiento en los cambios moleculares de SARS-CoV-2 permiten predecir el comportamiento epidemiológico de nuevas variantes emergentes y además promover el mejoramiento en los criterios de prevención.
Optimización del aprendizaje en Microbiología: evaluación del impacto de las Tecnologías de la Información y Comunicación
(University of Costa Rica, 2024) Diana Gabriela Nina Nina; Aneth Vásquez Michel
Las elevadas cifras de deserción estudiantil y bajos rendimientos educativos que fueron propiciados por la pandemia del COVID-19 presentaron el desafío urgente de mejorar el nivel educativo, un reto que involucra a todos los participantes del proceso de enseñanza-aprendizaje. En este contexto, y teniendo en cuenta el rápido avance de las Tecnologías de la Información y Comunicación (TIC), diversos expertos en pedagogía sostienen que las TIC pueden contribuir a establecer un ambiente de aprendizaje didáctico y efectivo. Sin embargo, en Bolivia no existen registros sobre la implementación y el impacto de las TIC. Por tal motivo, este estudio tuvo como objetivo identificar el panorama del uso y el impacto de las TIC en una disciplina teórico-práctica como Microbiología, mediante un análisis exploratorio, cuantitativo, descriptivo y transversal de las percepciones recogidas a través de un instrumento proporcionado al estudiantado. La muestra fue conformada por 43 estudiantes de la Carrera de Bioquímica y Farmacia de la Universidad del Valle – Sede La Paz quienes cursaron la disciplina de Microbiología durante el segundo semestre del año 2022 y que aceptaron participar en el estudio firmando un consentimiento informado. Esta muestra fue seleccionada por conveniencia de manera no probabilística. Del análisis porcentual de las declaraciones del estudiantado, se pudo identificar que cerca del 75 % del estudiantado está familiarizado con la expresión TIC. Además, el 81,40 % del alumnado afirmó que el uso de TIC en las actividades académicas mejoró su rendimiento académico. Asimismo, el estudiantado refirió que en el 46,6% de los casos el plantel docente implemento las TIC. Por otro lado, el estudiantado evidencia que existe una selección adecuada de TIC en el 53,45% de los casos. Estos hallazgos confirman el impacto positivo que trae el uso de TIC en los entornos educativos. Asimismo, se sugiere realizar estudios similares para evaluar la eficacia de las diferentes herramientas tecnológicas en los procesos de enseñanza-aprendizaje actuales, con el fin de sugerir adecuaciones a las metodologías educativas y mejorar la formación integral de los futuros profesionales.
SARS-CoV-2 genome sequencing with Oxford Nanopore Technology and Rapid PCR Barcoding in Bolivia
(2021) Oscar M. Rollano‐Peñaloza; Carmen Delgado Barrera; Aneth Vásquez Michel
Abstract SARS-CoV-2 genomic surveillance has Illumina technology as the golden standard. However, Oxford Nanopore Technology (ONT) provides significant improvements in accessibility, turnaround time and portability. Characteristics that gives developing countries the opportunity to perform genome surveillance. The most used protocol to sequence SARS-CoV-2 with ONT is an amplicon-sequencing protocol provided by the ARTIC Network which requires DNA ligation. Ligation reagents can be difficult to obtain in countries like Bolivia. Thus, here we provide an alternative for library preparation using the rapid PCR barcoding kit (ONT). We mapped more than 3.9 million sequence reads that allowed us to sequence twelve SARS-CoV-2 genomes from three different Bolivian cities. The average sequencing depth was 324X and the average genome length was 29527 bp. Thus, we could cover in average a 98,7% of the reference genome. The twelve genomes were successfully assigned to four different nextstrain clades (20A, 20B, 20E and 20G) and we could observe two main lineages of SARS-CoV-2 circulating in Bolivia. Therefore, this alternative library preparation for SARS-CoV-2 genome sequencing is effective to identify SARS-CoV-2 variants with high accuracy and without the need of DNA ligation. Hence, providing another tool to perform SARS-CoV-2 genome surveillance in developing countries.
Variantes del Virus SARS-COV-2 futuro y retos
(2022) Aneth Vásquez Michel; Aneth María Vásquez Michel
La pandemia por COVID-19 nos ha llevado a vivir una situación sin precedentes que además en muchos casos ha dirigido a cambios en nuestro comportamiento como seres sociales. La pandemia se caracterizó por la falta de información con evidencia científica; una de ellas y quizás la principal fue el surgimiento y circulación de las diferentes variantes genéticas del virus SARS-CoV-2, cuyo origen se debe simplemente a cambios evolutivos y adaptativos que el virus experimenta con el único objetivo de lograr ventaja genética para poder sobrevivir. El grupo de instituciones de referencia como: Centros de Control y la Prevención de enfermedades (CDC), Institutos Nacionales de Salud (NHI), la Administración de Alimentos y Medicamentos (FDA), se centraron en la caracterización de las variantes emergentes en tiempo real, monitoreando su impacto epidemiológico, clínico, incluidas las vacunas, tratamientos y el diagnóstico. El presente artículo tiene por objetivo, aclarar algunos conceptos y definiciones importantes que guíen a la comprensión de ciertos aspectos relevantes que permitan comprender cuan significativa es la aparición de nuevas variantes, el futuro de estás, así como los retos que representan para la comunidad científica y la sociedad.