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Dinámica viral y duración de la positividad de SARS-CoV-2 mediante la prueba de RT-PCR en tiempo real en estudiantes y personal docente que asisten a clases presenciales en la Universidad Mayor Real y Pontificia San Francisco Xavier de Chuquisaca
(Brazilian Journal of Development, 2024) Carmen Delgado Barrera; Mariela Victoria Ancasi Herrera; Yhuliana Chile Alacori; Vanessa Digna Alejo Arando; Angela Madai Huanca Copa
La enfermedad por coronavirus (COVID-19) es una infección aguda de las vías respiratorias, se informó por primera vez en diciembre de 2019 en Wuhan, China, y ha sido declarada una emergencia de salud pública de interés internacional por la Organización Mundial de la Salud. La pandemia por el SARS-CoV-2 persiste a pesar de haberse administrado dosis de vacunas anti-COVID en todo el mundo. El método diagnóstico estándar es la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa en tiempo real (RT-PCR). La limitación de la prueba al reportar únicamente ausencia o presencia del RNA viral puede ampliarse al análisis del número de ciclos (Ct) para el alta de pacientes infectados contribuyendo en la toma de decisiones en los sistemas locales de salud, y la interpretación del contexto clínico-epidemiológico de los pacientes infectados. Aquí, examinamos el tiempo de duración en la que el virus SARS-CoV-2 es eliminado en muestras respiratorias positivas de estudiantes y personal docente que acuden a clases presenciales de la USFX mediante RT-PCR en tiempo real. Se discriminaron valores de Ct para usarlos en el diagnóstico, siendo aquellos con valor mayor o igual a 32 reportados como negativos. En el 35.5% que corresponde a pacientes con Ct igual o mayor a 32 no se observó presencia del material genético del virus a partir del primer día de control (día siguiente al diagnóstico) y los casos con valores de Ct menor a 32, que representan el 64.5%, eliminaron al virus dentro de los 6 días posteriores al diagnóstico. Se estandarizó el valor de Ct = 32 en un kit comercial multiplex como valor de corte para el diagnóstico. Los resultados sugieren que los casos positivos de COVID-19 eliminan el virus en un tiempo reducido razón por la que se podría considerar un período de aislamiento más corto y la incorporación a sus actividades diarias posterior a los 4 días de haber sido diagnosticados.
SARS-CoV-2 genome sequencing with Oxford Nanopore Technology and Rapid PCR Barcoding in Bolivia
(2021) Oscar M. Rollano‐Peñaloza; Carmen Delgado Barrera; Aneth Vásquez Michel
Abstract SARS-CoV-2 genomic surveillance has Illumina technology as the golden standard. However, Oxford Nanopore Technology (ONT) provides significant improvements in accessibility, turnaround time and portability. Characteristics that gives developing countries the opportunity to perform genome surveillance. The most used protocol to sequence SARS-CoV-2 with ONT is an amplicon-sequencing protocol provided by the ARTIC Network which requires DNA ligation. Ligation reagents can be difficult to obtain in countries like Bolivia. Thus, here we provide an alternative for library preparation using the rapid PCR barcoding kit (ONT). We mapped more than 3.9 million sequence reads that allowed us to sequence twelve SARS-CoV-2 genomes from three different Bolivian cities. The average sequencing depth was 324X and the average genome length was 29527 bp. Thus, we could cover in average a 98,7% of the reference genome. The twelve genomes were successfully assigned to four different nextstrain clades (20A, 20B, 20E and 20G) and we could observe two main lineages of SARS-CoV-2 circulating in Bolivia. Therefore, this alternative library preparation for SARS-CoV-2 genome sequencing is effective to identify SARS-CoV-2 variants with high accuracy and without the need of DNA ligation. Hence, providing another tool to perform SARS-CoV-2 genome surveillance in developing countries.