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EVALUACIÓN DE LA VARIABILIDAD GENÉTICA DE LA CASTAÑA Bertholletia excelsa EN LA REGIÓN DE MADRE DE DIOS (PERÚ), MEDIANTE MARCADORES MICROSATÉLITES
(2009) Evelyn G. Reátegui‐Zirena; Jean‐François Renno; Fernando M. Carvajal‐Vallejos; Ronald Corvera Gomringer; Dennis Del Castillo Torres; Carmen Rosa GARCÍA-DÁVILA
La diversidad genética poblacional de Bertholletia excelsa “castaña” fue estimada en siete localidades del departamento de Madre de Dios. Se colectaron un total de 164 muestras, las cuales fueron evaluadas con seis loci microsatélites. Todos los loci microsatélites resultaron polimórficos, reportándose un total de 47 alelos, con una media de 7.83 por locus. Los resultados de AFC, SAMOVA (98.06% de la variación se encuentra dentro de las localidades y solo 2.24% entre ellas) y distancia genética (distancia promedio = 0.017), mostraron que las siete localidades evaluadas presentan poca diferenciación genética entre ellas; presentado un elevado flujo genético demostrado en los resultados de Nm que variaron de 6.26 al infinito. También, los resultados globales de F (0.024), ST R (0.045) muestran una débil diferenciación genética entre las poblaciones. En términos generales, cada localidad ST presenta una amplia variabilidad genética con pocas diferencias entre ellas. Considendo el conjunto de localidades como una única población no se observa diferencia a la panmixia (Ho= 0.68, He= 0.69, F = 0.01). Los resultados is obtenidos tanto dentro de las localidades como entre ellas pueden ser atribuidos a las escasas barreras físicas entre las localidades, un tiempo de generación alto y una duración de vida alta de los árboles (numero eficiente alto) y un sistema de reproducción alogamico de la castaña.
SNP Markers as a Successful Molecular Tool for Assessing Species Identity and Geographic Origin of Trees in the Economically Important South American Legume Genus<i>Dipteryx</i>
(Oxford University Press, 2020) Eurídice Honorio N. Coronado; Céline Blanc-Jolivet; Malte Mäder; Carmen Rosa GARCÍA-DÁVILA; David Aldana Gomero; Dennis Del Castillo Torres; Gerardo Flores Llampazo; Gabriel Hidalgo Pizango; Alexandre Magno Sebbenn; Barbara Rocha Venâncio Meyer-Sand
Dipteryx timber has been heavily exploited in South America since 2000s due to the increasing international demand for hardwood. Developing tools for the genetic identification of Dipteryx species and their geographical origin can help to promote legal trading of timber. A collection of 800 individual trees, belonging to 6 different Dipteryx species, was genotyped based on 171 molecular markers. After the exclusion of markers out of Hardy-Weinberg equilibrium or with no polymorphism or low amplification, 83 nuclear, 29 chloroplast, 13 mitochondrial single nucleotide polymorphisms (SNPs), and 2 chloroplast and 5 mitochondrial INDELS remained. Six genetic groups were identified using Bayesian Structure analyses of the nuclear SNPs, which corresponded to the different Dipteryx species collected in the field. Seventeen highly informative markers were identified as suitable for species identification and obtained self-assignment success rates to species level of 78-96%. An additional set of 15 molecular markers was selected to determine the different genetic clusters found in Dipteryx odorata and Dipteryx ferrea, obtaining self-assignment success rates of 91-100%. The success to assign samples to the correct country of origin using all or only the informative markers improved when using the nearest neighbor approach (69-92%) compared to the Bayesian approach (33-80%). While nuclear and chloroplast SNPs were more suitable for differentiating the different Dipteryx species, mitochondrial SNPs were ideal for determining the genetic clusters of D. odorata and D. ferrea. These 32 selected SNPs will be invaluable genetic tools for the accurate identification of species and country of origin of Dipteryx timber.