Browsing by Autor "Melgarejo, Betty"

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Multiplex RT-qPCR strategy for SARS-CoV-2 variants detection in developing countries without ngs: The Bolivian experience.
(2025) Parrado, Rudy; Cuba-Grandy, Carolina X; Fuentes-Luppichini, Eugenia; Torrico Villarroel, Nattaly Grecia; Mamani-Ortiz, Yercin; Mendez, Jaqueline; Melgarejo, Betty; Coronado-Arrázola, Irenice; Montaño, Nair A; Almonacid, Leonardo I; Medina, Rafael A; Garcia, Lineth; Pardo-Roa, Catalina
The rapid evolution of SARS-CoV-2 has led to the emergence of variants of concern (VOCs) characterized by increased transmissibility, pathogenicity, and resistance to neutralizing antibodies. Identifying these variants is essential for guiding public health efforts to control COVID-19. Although whole genome sequencing (WGS) is the gold standard for variant identification, its implementation is often limited in developing countries due to resource constraints. In Bolivia, genomic surveillance is a challenge due to its limited technological infrastructure and resources. An RT-qPCR-based strategy was designed to address these limitations and detect the mutations associated with VOCs and variants of interest (VOIs). The multiplex RT-qPCR commercial kits AllplexTM Master and Variants I (Seegene®) and the ValuPanelTM (Biosearch®) were used to target mutations such as HV69/70del, E484K, N501Y, P681H, and K417N/T. They are characteristic of the Alpha (B.1.1.7), Beta (B.1.531), Gamma (P.1), Omicron (B.1.1.529), Mu (B.1.621), and Zeta (P.2) variants. A total of 157 samples collected in Cochabamba from January to November 2021 were evaluated, identifying 44 Gamma, 2 Zeta, 20 Mu, and 10 Omicron were identified. The strategy's effectiveness was validated against WGS data generated with Oxford NanoporeTM technology, showing a concordance rate of 0.96. This highlights the value of the RT-qPCR strategy in guiding the selection of samples for WGS, enabling broader detection of new variants that cannot be identified by RT-qPCR alone.
Perfil epidemiológico de la Influenza Humana A H1N1 en Cochabamba, Bolivia, gestiones 2009 a 2014
(Gac Med Bol, 2015) Yercin Mamani, Ortiz; Rojas Salazar, Enrique Gonzalo; Melgarejo, Betty; Vallejo, Efraín; Rocha Choque, Mayra Victoria; Velarde, Daniel luanes; Sossa, Dinno
Introducción: en julio de 2009, la Organización Mundial de la Salud alertó acerca de la pandemia debida al virus A H1 NI que elevó la fase epidemiológica a 6, producto del grado de diseminación del virus pero no a la gravedad e impacto de la enfermedad, lo que depende de la vulnerabilidad de la población y la capacidad de respuesta sanitaria de cada región, país y continente respectivamente. Objetivo: analizar el perfil epidemiológico de la influenza A H1N1 en el departamento de Cochabamba, Bolivia. Métodos: el presente estudio es de tipo observacional, descriptivo y de corte transversal, realizado en el departamento de Cochabamba, mediante el análisis de todas las fichas epidemiológicas de los casos sospechosos durante las gestiones 2009 al 2014, con una muestra de 3655 fichas. Resultados: del total de casos sospechosos el 52% fueron varones y el 48 % mujeres, el grupo etario con mayor proporción fue el de los menores de 5 años con un 16%, del total de casos sospechosos el 79% fueron negativos y solo el 21% fueron positivos, los síntomas más frecuentes fueron la tos presente en el 84% de los casos, la faringitis en el 78%, la cefalea y la rinorrea en el 76%. Conclusión: la prevalencia de Influenza Humana A H1N1 en el departamento de Cochabamba, disminuyó progresivamente, existiendo un rebrote de la patología el 2014 con un aumento en el número de casos positivos y los casos de mortalidad.