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Alternativas de diagnóstico de laboratorio para la detección del virus de la Influenza
(2019) Cecilia Angulo Valdivia; Nattaly Grecia Torrico Villarroel
El virus de la Influenza (Flu) ha sido causante de diversas pandemias que han producido millones de muertes a nivel mundial, siendo necesario un diagnóstico diferencial al producir un cuadro clínico similar al de infecciones producidas por otros virus respiratorios. El diagnóstico oportuno y certero de infección por Influenza virus empleando pruebas de laboratorio, permite una mejor toma de decisiones en el ámbito médico, de tal manera que se pueda administrar un tratamiento adecuado, disminuir complicaciones y costos de hospitalización. A pesar de existir diferentes alternativas de métodos de diagnóstico, desde técnicas tradicionales como el cultivo viral o la inmunofluorescencia, hasta técnicas de detección de ácidos nucleicos, todas presentan ventajas y desventajas en cuanto al tiempo de procesamiento y entrega de resultados, sensibilidad, especificidad, experticia del personal, costos e infraestructura del laboratorio, siendo estos factores importantes a considerar para la implementación de nuevas técnicas en los laboratorios clínicos.
Caracterización molecular de virus respiratorios en población pediátrica del Hospital Albina Patiño en Cochabamba, Bolivia
(2024) Rudy Parrado; Nattaly Grecia Torrico Villarroel
Las infecciones respiratorias agudas son enfermedades frecuentes en todo el mundo, la mayoría producidas por virus. La población más afectada son niños menores de cinco años, quienes tienen mayor riesgo de padecer enfermedades respiratorias graves asociadas a mortalidad. En Cochabamba no existía información publicada sobre circulación de virus respiratorios antes de la pandemia por SARS-CoV-2/COVID-19. Objetivos: detectar y caracterizar virus respiratorios en pacientes pediátricos internados con infecciones respiratorias en el Hospital Pediátrico "Albina Patiño". Métodos: el período de estudio fue entre septiembre de 2017 y agosto de 2018, habiéndose incluido una población de 202 pacientes menores de cinco años. Se utilizó la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR) multiplex para detectar y caracterizar los virus respiratorios relacionados con infección respiratoria. Resultados: El 61,4% de las muestras analizadas dieron positivo a virus respiratorios. Los resultados incluyeron: Adenovirus 1,5 %, Metapneumovirus 3,5 %, Influenza virus 8 %, Parainfluenza virus 9,9 % y VSR 35,7 %. El virus más común responsable de las infecciones respiratorias fue el VSR. El grupo de niños infectados más afectado son los menores de dos años. Las infecciones virales alcanzaron el rango epidémico completo entre mayo y julio de 2018. Conclusiones: Se logró detectar y caracterizar virus respiratorios en pacientes pediátricos, se evidencia un patrón de circulación de estos virus respiratorios específico para cada población, incluso antes de la circulación de SARS-CoV-2. Es necesario tener en cuenta que los países vecinos con condiciones similares de climatología pueden tener un patrón de circulación diferente.
Coinfecciones microbianas en pacientes pediátricos hospitalizados por neumonía adquirida en la comunidad grave en Cochabamba, Bolivia
(2025) Nattaly Grecia Torrico Villarroel; Raúl Copana Olmos; M Molinero Muñoz; Maria de los Angeles Veneros Paricollo
Las infecciones respiratorias son causa significativa de mortalidad en lactantes y niños menores de cinco años, en muchos casos estas corresponden a cuadros de neumonías graves y pueden producirse por más de un agente microbiano. Objetivos: Analizar el comportamiento de las coinfecciones microbianas que ocurren en pacientes pediátricos internados por NAC grave en un Hospital pediátrico de referencia nacional. Métodos: Se incluyó a 48 pacientes menores de 5 años hospitalizados entre abril y agosto de 2023 con diagnóstico de NAC grave, se realizó la detección de patógenos respiratorios bacterianos y virales por PCR en tiempo real múltiple, se revisó la información epidemiológica de las historias clínicas de los pacientes Resultados: El 87,5 % presentó un resultado positivo para la detección molecular de alguno de los patógenos en estudio, siendo los patógenos detectados con mayor frecuencia el virus sincitial respiratorio, Haemophilus influenzae y Streptococcus pneumoniae, en el 52 % hubo detección simultanea de agente viral y bacteriano, presentándose mayores complicaciones en este grupo. Conclusiones: Las Neumonías adquiridas en la comunidad graves están asociadas principalmente a infecciones virales o coinfecciones. Palabras claves: Neumonía; coinfección; PCR
Epidemiologia molecular del SARS-CoV-2, VSR y FLU en niños hospitalizados con Infección Respiratoria Aguda Grave
(2022) Nattaly Grecia Torrico Villarroel; Raul Rafael Copana Olmos; Marcela Veronica Torrico Montaño; Maria Elena Calderon Lopez; Rudy Parrado Vargas
Introducción: En Latinoamérica se reportó una forma más grave de COVID-19 en población pediátrica. En nuestro medio no se cuenta con datos acerca de la caracterización de virus respiratorios de relevancia causantes de infección respiratoria aguda grave (IRAG) desde el inicio de la pandemia por COVID-19 en Bolivia. Objetivo: Evaluar el comportamiento epidemiológico de SARS-CoV-2, VSR y FLU como responsables de IRAG en población internada en el Hospital del Niño Manuel Ascencio Villarroel en Cochabamba Métodos: Se incluyó a 41 pacientes de hasta 5 años de edad, internados durante junio 2021 a junio 2022. Se empleó la reacción en cadena de la polimerasa (RT-qPCR) para la detección de SARS-CoV-2, VSR y FLU tipo A y B. Resultados: En el 47,6 % de los pacientes se detectó VSR, en el 42,9 % SARS-CoV-2 y en 9,5 % se detectó coinfección entre SARS-CoV-2 y VSR, no se presentó casos de infección por FLU. Se reportó principalmente con el 76,2% fiebre y 61,9 % tos. El 14,3% de los pacientes ingresó a terapia intensiva, 2 pacientes fallecieron, uno presentó coinfección viral SARS CoV-2/ VSR y el otro infección viral simple por SARS-CoV-2. Conclusiones: Tras el desconfinamiento después del inicio de la pandemia por COVID-19 se encontró como agentes causantes de IRAG a VSR y SARS-CoV-2 con una frecuencia de circulación similar. Las manifestaciones respiratorias son más frecuentes, mostrando en la mayoría estados estables y recuperación favorable. Es necesario una constante vigilancia epidemiológica ante la experiencia vivida por la pandemia por COVID-19.
Multiplex RT-qPCR strategy for SARS-CoV-2 variants detection in developing countries without ngs: The Bolivian experience
(Cambridge University Press, 2025) Rudy Parrado; Carolina X Cuba-Grandy; Eugenia Fuentes-Luppichini; Nattaly Grecia Torrico Villarroel; Yercin Mamani Ortiz; Javier Méndez; Betty Melgarejo; Irenice Coronado-Arrázola; Nair A. Montaño; Leonardo I. Almonacid
The rapid evolution of SARS-CoV-2 has led to the emergence of variants of concern (VOCs) characterized by increased transmissibility, pathogenicity, and resistance to neutralizing antibodies. Identifying these variants is essential for guiding public health efforts to control COVID-19. Although whole genome sequencing (WGS) is the gold standard for variant identification, its implementation is often limited in developing countries due to resource constraints. In Bolivia, genomic surveillance is a challenge due to its limited technological infrastructure and resources. An RT-qPCR-based strategy was designed to address these limitations and detect the mutations associated with VOCs and variants of interest (VOIs). The multiplex RT-qPCR commercial kits AllplexTM Master and Variants I (Seegene®) and the ValuPanelTM (Biosearch®) were used to target mutations such as HV69/70del, E484K, N501Y, P681H, and K417N/T. They are characteristic of the Alpha (B.1.1.7), Beta (B.1.531), Gamma (P.1), Omicron (B.1.1.529), Mu (B.1.621), and Zeta (P.2) variants. A total of 157 samples collected in Cochabamba from January to November 2021 were evaluated, identifying 44 Gamma, 2 Zeta, 20 Mu, and 10 Omicron were identified. The strategy's effectiveness was validated against WGS data generated with Oxford NanoporeTM technology, showing a concordance rate of 0.96. This highlights the value of the RT-qPCR strategy in guiding the selection of samples for WGS, enabling broader detection of new variants that cannot be identified by RT-qPCR alone.
Seguimiento ambulatorio de resultados moleculares en pacientes con COVID-19 para el alta laboral en Cochabamba, Bolivia
(2025) Nattaly Grecia Torrico Villarroel; Yercin Mamani Ortiz; Nair Montano Villarroel; Josue Huarayo Yapura; Raul Omar Delgado Alvarez; Kenny Mayuwel Arce
Introducción: A pesar de la culminación del periodo pandémico por SARS-CoV-2, aún no está dilucidado el tiempo de eliminación del virus en casos leves o asintomáticos, generando confusión al momento de la otorgación de bajas laborales basadas en las evidencias de resultados de laboratorio. Objetivo: Evaluar la evolución de los resultados moleculares durante el seguimiento laboratorial para el alta laboral, frente a la infección por SARS-CoV-2. Métodos: Se realizó un estudio de tipo observacional, analítico de corte longitudinal prospectivo, mediante el seguimiento a 134 pacientes ambulatorios con COVID-19 en 2022, se realizó pruebas moleculares RT-qPCR frente a SARS-CoV-2 durante el desarrollo de la infección. Resultados: En la RT-qPCR de diagnóstico para COVID-19, el 95,5 % presentó un Ct < 30. A los 14 días, en el 53,8 % se detectó el genoma viral en la muestra. Los pacientes con un mayor número de dosis de vacuna frente a COVID-19 presentaron un Ct más alto respecto a los que no contaban con ninguna. El 69,4 % tenía en su entorno social cercano entre 1 a 3 personas con COVID-19. Conclusiones: La mayoría de los pacientes con cuadros leves por COVID-19, no cumplían con el criterio de un Ct < 30 al momento de alta laboral, representando aún una alta contagiosidad, que repercute en una mayor incidencia de casos.