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Análisis in silico de las alteraciones de la secuencia y estructura de RBD-SARS-CoV-2, que afectan su complementariedad por anticuerpos neutralizantes IgG-antiRBD
(2023) Ricardo Enrique Grados-Torrez; Leny Miroslava Osco Callisaya; Pamela Belen Ramos Torrez; Aryana Aleyda Chavez Alanoca; Esther Belen Vila Miranda; Aneth Vásquez Michel
Las vacunas anti-SARS-CoV-2 inducen la producción de anticuerpos neutralizantes IgG contra el Dominio de Unión al Receptor de la proteína S del virus (IgG-antiRBD). En Bolivia, Sinopharm y Sputnik V fueron vacunas ampliamente utilizadas durante la pandemia. Sin embargo, las mutaciones y los cambios sufridos en SARS-CoV-2 fueron responsables de las nuevas olas de contagio. Objetivo: determinar las alteraciones a nivel de secuencia y de estructura del RBD-SARS-CoV-2, que afectan su complementariedad por anticuerpos neutralizantes IgG-antiRBD. Material y Métodos: se obtuvieron las secuencias y estructuras cristalográficas del RBD-SARS-CoV-2 a partir de la base de datos Protein Data Bank. Para el Alineamiento Múltiple de Secuencias y el Alineamiento Estructural, se emplearon Mega6 y Chimera1,15. Resultados: el Alineamiento Múltiple de Secuencias y Alineamiento Estructural de las principales variantes epidemiológicas de SARS-CoV-2 evidencian que, krakenXBB1.5 fue la más divergente a nivel de secuencia, mientras que, omicronBA2.75 presentó más cambios estructurales y mayores impedimentos estéricos al interaccionar con IgG-antiRBD, siendo la más contagiosas y más evasiva a la respuesta inmunológica. Conclusiones: el uso de herramientas bioinformáticas para el seguimiento en los cambios moleculares de SARS-CoV-2 permiten predecir el comportamiento epidemiológico de nuevas variantes emergentes y además promover el mejoramiento en los criterios de prevención.
Comparación del algoritmo nuevo con el algoritmo convencional para diagnóstico de VIH en Bolivia
(Universidad Autónoma del Estado de México, 2018) Brenda Gisela Martinez Oliva; Karen Jimena Montaño-Valenzuela; Patricia Rodriguez-Herbas; Amilcar Alejandr Flores-León; Ricardo Enrique Grados-Torrez
"En Bolivia, el algoritmo diagnóstico convencional para VIH utiliza como prueba confirmatoria el Western blot; debido a dificultades con el costo, tiempo y centralización del diagnóstico confirmatorio, el Programa Nacional ITS/VIH/SIDA-HV propuso un algoritmo nuevo que utiliza solo dos pruebas rápidas y ELISA Ag/Ac. Sesenta muestras de suero fueron procesadas con ambos algoritmos y se determinó el resultado verdadero de las muestras de acuerdo con ambos algoritmos y la carga viral. La sensibilidad, especificidad, valores predictivos, índice Kappa . chi-cuadrado de Pearson fueron calculados. El algoritmo convencional reportó: sensibilidad 96,3%, especificidad 100%, valor predictivo positivo 100% y valor predictivo negativo 97% el algoritmo nuevo presentó sensibilidad, especificidad, valores predictivos positivo y negativo del 100%. El índice Kappa fue 0,966 y chi-cuadrado de Pearson 56,078 con .<0,01; es así que el grado de concordancia entre ambos algoritmos es “muy bueno” y estadísticamente significativo. Aunque el número de muestras procesadas en este estudio fue reducido, el algoritmo nuevo parece ser mejor que el convencional debido a que acorta el tiempo de detección de VIH y reporta resultados iguales a la carga viral."
Función biológica de AMPK- β2 en músculo esquelético y su dinámica estructural después de la activación por SC4
(2022) Dayana Pamela Dayana Pamela; Brenda Gisela Martinez Oliva; Ricardo Enrique Grados-Torrez
Introducción: La Proteína Quinasa Activada por AMP (AMPK), es una enzima monitora y reguladora central del estado energético celular, por tanto, es responsable de la respuesta celular al suministro y demanda de energía. El AMP actúa como activador en condiciones de déficit energético, mientras que el ATP la inactiva cuando las condiciones energéticas son más favorables. Debido a su función central en el metabolismo, la AMPK surge como un blanco proteico prometedor para el tratamiento de diferentes enfermedades como la Diabetes Mellitus tipo 2 (DM2), Síndrome Metabólico (SM), Cáncer, entre otros. Existen múltiples isoformas de AMPK que se regulan y expresan diferencialmente en todo el organismo. La isoforma AMPK–β2 se expresa casi exclusivamente en músculo esquelético y dado que este es el órgano primario para el almacenamiento y eliminación de Glucosa, AMPK–β2 puede dirigir su homeostasis por una ruta independiente a la Insulina. La molécula activadora SC4 tiene una gran selectividad por AMPK–β2 y debido a su función biológica, podría servir como modelo farmacológico para coadyuvar el tratamiento de enfermedades metabólicas. Objetivo: Análisis de la dinámica molecular de activación de la AMPK–β2. Metodología: En el presente estudio, se emplean herramientas bioinformáticas como Chimera 1.15 y Phyton Molecular Viewer. Resultados: El análisis in silico permitió comprender varios aspectos estructurales relacionados con la acción de SC4 sobre la estructura trimérica de la AMPK, los aminoácidos con los que interacciona y cómo su estructura química le otorga gran selectividad. También fue útil para en un futuro, ampliar los criterios de extracción, identificación y/o diseño de compuestos activos a partir de fuentes naturales, con propiedades funcionales similares o aún mejores a SC4, para así poder emplearlos con un enfoque terapéutico que beneficie a nuestra población.
Sapogeninas de Chenopodium quinoa Willd como activadores potenciales de AMPKβ2 para la homeostasis independiente de insulina
(2023) Ricardo Enrique Grados Torrez; Dayana Pamela Bello- Kopa; Ricardo Enrique Grados-Torrez
La isoforma AMPKβ2 (proteína quinasa activada por AMP) favorece la homeostasis glucémica a través de un mecanismo independiente de insulina. Muchos “importagogos” de glucosa como SC4 actúan como activadores de AMPK, pero su consumo prolongado se asocia a efectos indeseables. En este trabajo se utilizó el acoplamiento molecular para analizar la posible interacción entre sapogeninas y AMPK. Los resultados mostraron que ocho sapogeninas presentes en Chenopodium quinoa interactúan en el mismo sitio de unión que SC4 correspondiente al sitio ADaM de AMPK. Estas interacciones puntuaron valores de ΔG que oscilan entre -6,2 y -7,7 kcal/mol, siendo el ácido serjánico la sapogenina con el ΔG más bajo. La adición de grupos hidrofílicos como –OH y –COOH en la estructura química del ácido serjánico mejoró su afinidad de unión a la isoforma AMPKβ2 abriendo la posibilidad de generar fármacos semi-sintéticos a partir de compuestos naturales con mayor actividad biológica y mejor especificidad.
Sensibilidad y especificidad de pruebas inmunocromatográficas utilizadas en el nuevo algoritmo de diagnóstico de VIH en Bolivia
(2018) Brenda Gisela Martinez Oliva; Karen Jimena Montaño-Valenzuela; Patricia Rodriguez-Herbas; Amilcar Alejandro Flores Leon; Ricardo Enrique Grados-Torrez
Objetivo: evaluar la sensibilidad y especificidad de dos pruebas rápidas utilizadas en el nuevo algoritmo de diagnóstico de VIH en Bolivia, Alere DetermineTM HIV 1/2 como prueba de tamizaje y Uni-GoldTM HIV como prueba confirmatoria. Métodos: estudio descriptivo, no experimental. Se utilizaron 60 muestras de suero provenientes de diferentes establecimientos de salud de Cochabamba con resultados reactivos para VIH, enviadas a LABIMED desde enero a junio de 2016 para confirmación. Las 60 muestras (27 positivas y 33 negativas para VIH) fueron procesadas con Alere DetermineTM HIV 1/2 y Uni-GoldTM HIV. Resultados: alere DetermineTM HIV 1/2 presentó una sensibilidad del 100% y una especificidad del 54,5%. Uni-GoldTM HIV reportó una especificad del 97% y una sensibilidad del 92,6%. Conclusiones: la sensibilidad de Alere Determine TM HIV 1/2 cumplió con el criterio del Ministerio de Salud y Deportes de Bolivia (Prueba rápida de tamizaje debe tener una sensibilidad ? 99,8%). La especificidad de Uni-GoldTM HIV en este estudio no alcanzó el criterio de especificidad del Ministerio (Prueba rápida de confirmación debe tener una especificidad ? 99,9%).