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Detección de patógenos virales y bacterianos en niños menores a 5 años con enfermedades respiratorias agudas
(Facultad de Ciencias Puras y Naturales, 2020) Torrez Mamani, Alejandra Gabriela; Calderón Toledo, Carla
La infecciones respiratorias agudas (IRAs) son patologías del sistema respiratorio con un elevado potencial de diseminación y sus entidades clínicas se incluyen inespecíficamente . Presentan elevadas y preocupantes tasas de hospitalización, morbilidad y mortalidad tanto a nivel mundial, como en Bolivia . Dentro de los grupos de mayor riesgo se encuentran niños menores a 5 años. La etiología es principalmente viral , pero también puede ser bacteriana. Existen diversas técnicas para la detección de virus o bacterias . En las últimas décadas las técnicas molecuklares han evolucionado en cuanto a sensibilidad, rapidez y costo, donde el PCR convencional anclado a extracción de ácidos nucleicos y reverso transcripción no dejan de ser buenos métodos. En nuestro país, muy pocos estudios (antes de la pandemias) sobre IRAs y u etiología fueron realizados . Además el interés en el seguimiento, de enfermedades respiratorias se incrementó aún más, tras la aparición delSARS-Col/2. Objetivo: responder si ¿Los métodos moleculares de detección para 9 virus y 4 bacterias son copnfiables en cuanto al límite de detección Pr establecer su uso en futuros estudios asociados a IRAs? Métodos: Trabajar con 128 muestras de fluidos nasales (88 enfermos y 44 control), de niños menores a 5 años del Hospital Los Andes , El Alto, Estandarizamos únicamente el protocolo de extracción de DNA. El mejor protocolo para extraer DNA (kit para gram+) y el protocolo para extracción de RNA se usaron para extraer los ácidos nucleicos . Se realizaron PCRs de secuencias blanco del Gen 16SrNA y de genes de 4 bacterias y Adenovirus , y RT-PCRs de 8 virus de RNA. Se estableció el LD a través del plásmido o su transcrito (RNA) y se evaluó la presencia de inhibidores de PCR . Se realizaron ensayos de control de calidad . Se evaluaron relaciones muy preliminares de los resultados obtenidos en la detección con datos de los pacientes , diagnósticos, tratamiento y datos de las muestras. Por último evaluamos costo y el tiempo empleado con técnicas moleculares vs cultivo viral-II. Resultados y Discusión: El mejor protocolo de extracción fue de un kit para extraer DNA de bacterias Gram positivas. Se logró extraer y cuantificar DNA de todas las muestras , pero no asi RNA. La detección del Gen 16S rRNA no se obtuvo para todas las muestras . En pacientes enfermos se detectaron S. pneumoniae (23%). Adenovirus (&%9, . influenza (2%) y Rinovirus (1%). Los valores para virus parecen estar subestimados debido a problemas con el protocolo de extracción de RNA, la toma y tipo de muestra o el medio de transporte usado . Se obtuvieron los LDs a partir del plásmido (DNA) para los 13 patógenos y a partir del plásmido para los 8 virus de RNA. Las variaciones en los LDs parecen estar más relacionados a pérdida de ácidos nucleicos durante extracción o degradación. los ensayos de control de calidad indicaron ausencia de falso positivos. >Las relaciones evaluadas mostraron que los pacientes enfermos que n9o consumen ni antibióticos ni antivirales y con otras >IRAs son los grupos representativos de los patógenos detectados . Además, los GLMs reforzaron la idea de que el protocolo de extracción de DNA fue bueno para S . Pneumoniae. Con Adenovirus parece importante aumentar el número de muestras para aclarar relaciones. <por último, las técnicas moleculares resultaron ser menos costosas, tomar menor tiempo y detectar mayor cantidad de patógenos respecto al cultivo-IF