Modelamiento proteico de la Tubulina de G. lamblia por homología de secuencias

Abstract

La Giardiasis ocasionada por Giardia in-testinalis (conocida como Giardia lamblia), es una de las infecciones parasíticas más comunes en todo el mundo y con mayor pre-valencia en países en desarrollo como el nuestro. Existen muchas drogas para el tratamiento de la giardiasis, de diferente eficacia y efectos adversos como la curcumina que inhibe la polimerización de los micro-tubulos por un mecanismo distinto al de la colchicina. Sin embargo, la estructura cristalográfica de la Tubulina de G. lamblia (cadenas a y P) permanece desconocida. El análisis de alineamiento de secuencias (PBLAST) indica una identidad del 86,98 y 88,32 % entre las cadenas a y p de la Tubulina de G. lamblia y B. taurus (PDB:5NQT). El Modelamiento por Homología de la estructura proteica de la Tubulina de G. lamblia utilizando como molde a la Tubulina de B. tau-rus mediante el servidor SWISS-MODEL, generó una estructura proteica con los siguientes parámetros: z-core = -1,16 y -1,41, QMEANscore6 = 0,71 y 0,70, % de confiabi-lidad (de los diagramas de Ramachandran) = 96,08 y 96,95 %, RMS (Root Mean Square) = 0,081 y MOLPROBITYscore = 1,26. Estos parámetros indican que la estructura proteica de la Tubulina de G. lamblia obtenida a partir del Modelamiento por Homología es de buena calidad, por tanto, esta estructura podría ser utilizada en futuras evaluaciones, como el análisis in silico de compuestos antiGiardia.

Giardiasis caused by Giardia intestina-lis (known as Giardia lamblia), is one of the most common parasitic infections in the world and with a higher prevalence in de-veloping countries like ours. There are many drugs for the treatment of giardiasis, of dif-ferent efficacy and adverse effects such as curcumin that inhibits the polymerization of microtubules by a mechanism other than colchicine. However, the crystallograph-ic structure of G. lamblia Tubulin (a and p chains) remains unknown. The sequence alignment analysis (PBLAST) indicates an identity of 86,98 and 88,32 % between the a and p chains of the Tubulin of G. lamblia and B. taurus (PDB: 5NQT). Homologous Modeling of the protein structure of G. lamblia Tubulin using the B. taurus Tubulin as a template employing the SWISS-MODEL server, generated a protein structure with the fol-lowing parameters: z-core = -1,16 and -1,41, QMEANscore6 = 0,71 and 0,70, % of reli-ability (from Ramachandran plots) = 96,08 y 96,95 %, RMS (Root Mean Square) = 0,081 and MOLPROBITYscore = 1,26. These parameters indicate that the protein structure of G. lamblia Tubulin obtained from Homol-ogy Modeling is of good quality, therefore, this structure could be used in further eval-uations, such as the in silico analysis of anti-Giardia compounds.