Determinacion de los ángulos de torsión del polihidroxibutirato (PHB) mediante simulaciones computacionales de un aglomerado

Abstract

Mediante Dinamica Molecular, se implementa un modelo que represente las propiedades del polímero Polihidroxibutirato (PHB), se analizan diferentes tamanos de cadena de PHB aislados (monomero, dímero, pentamero, decámero y vigémero). Se genera un aglomerado de 100 pentameros en el ensamble a presión constante (NPT); obteniendo una configuración cubica estable que permite calcular el valor de la densidad, el cual es aproximado a lo reportado en la literatura. Por otro lado, se realizan los calculos de los ángulos de torsión tanto para las cadenas aisladas como para el aglomerado, en ambos casos se pudo verificar que estos valores coinciden con los valores reportados en la literatura, por tanto, podemos indicar que los parametros utilizados en nuestro modelo representan adecuadamente las características del PHB, con lo cual obtenemos una herramienta para estudios posteriores de este polímeroBy means of Molecular Dynamics, a model that represents the properties of the poly-mer Polyhydroxybutyrate (PHB) is implemented. Different chain sizes of isolated PHBs (monomer, dimer, pentamer, decamer and vigomer) are analyzed. An agglomeration of 100 pentamers is produced in the ensemble at a constant pressure (NPT) forming a stable cubic configuration. This configuration allows for the calculation of density values which corre-spond to those found in the literature. Also, the calculation of torsion angles for both isolated chains and the agglomeration are found to coincide with those values reported in the literature. The parameters used in our model adequately represent the PHB characteristic. We conclude that the model is a useful tool for further studies of PHB